Museum Biologi UGM
Museum yang dimiliki oleh UGM ini berisi beraneka ragam flora dan fauna. Tujuan museum ini adalah sebagai sarana pendidikan bagi masyarakat yang ingin belajar tentang flora dan fauna di Indonesia dan juga luar negeri.
Museum
Museum Batik Yogyakarta
Museum ini merupakan museum keluarga Hadi Nugroho dan R. Ng. Jumima Dewi Sukaningsih dan merupakan museum batik pertama di Yogyakarta. S
Museum Dharma Wiratawama TNI AD
Museum yang berada di lokasi Kotabaru ini memiliki fungsi dalam menyimpan dokumentasi bakti prajurit TNI Angkatan Darat.
Museum Sandi
Museum ini berada di bangunan kolonial di Kotabaru dan berisi koleksi sandi yang memiliki nilai sejarah.
Museum Sonobudoyo
Museum Sonobudoyo berisi benda-benda budaya ilmiah dengan koleksi pengembangan dan bimbingan edukatif kultural.
Museum Benteng Vredeburg
Benteng Vredeburg yang memiliki arti Benteng Perdamaian ini kini telah diubah menjadi sebuah museum.
Museum Kereta Keraton
Wisatawan dapat melihat kereta-kereta yang dulu dipakai sebagai alat transportasi oleh Keraton Kasultanan Yogyakarta.
Museum Keraton Yogyakarta
Keraton Yogyakarta merupakan istana Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat yang dibangun oleh Sri Sultan Hamengku Buwono pada tahun 1775.